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小作坊生產(chǎn)許可證有很多限制，有些產(chǎn)品因為保質(zhì)期太短這個硬傷，無法滿足辦理食品生產(chǎn)許可證的要求，只能考慮辦理小作坊生產(chǎn)許可證。
除此之外，由于省內(nèi)小作坊生產(chǎn)許可證只能申請的產(chǎn)品種類很受限制，不能進入超市，不能網(wǎng)絡(luò)銷售，不能跨區(qū)域銷售，至多能在本縣銷售，并且小作坊生產(chǎn)許可證的條件其實并不怎么低，一二百平方的生產(chǎn)場地很多時候并不能辦理小作坊生產(chǎn)許可證，還有就是現(xiàn)實中很多地方無法受理。
一、依據(jù)不同
1、許可依據(jù)的一般法規(guī)和規(guī)章等不同：
食品企業(yè)許可依據(jù)的是食品生產(chǎn)許可管理辦法，食品小作坊依據(jù)的是省食品安全條例。
2、申請人的主體資格范圍不同：
食品企業(yè)申請人是企業(yè)法人、合伙企業(yè)、個人獨資企業(yè)、個體工商戶等均可，小作坊只可以是個體工商戶。
3、申請許可的食品類別不同：
食品企業(yè)可申請食品類別32類，小作坊申請類別各省也不盡相同。
小作坊一般規(guī)模較小，而企業(yè)一般規(guī)模較大。但是這也不是絕對的，因為在食品安全法中并沒有規(guī)定食品生產(chǎn)企業(yè)的規(guī)模，只要符合國家規(guī)定，都是可以取得相應(yīng)的許可。
另外生產(chǎn)企業(yè)成本較高，所以一般情況下規(guī)模是大于小作坊的。食品生產(chǎn)企業(yè)因為取得了食品生產(chǎn)許可證才稱為食品生產(chǎn)企業(yè)，而小作坊并不一定。
除此之外食品安全法中并沒有規(guī)定小作坊的許可，只是要求各省市自行出臺管理規(guī)定，而部分省份至今沒有出臺小作坊管理辦法。所以有一部分地區(qū)的小作坊是處于無許可經(jīng)營的。
二、小作坊食品加工許可證辦理主要有以下幾方面困難
1、生產(chǎn)場地：
取食品生產(chǎn)許可證對生產(chǎn)場地的選址，工藝流程，要求人流物流要分開防止交叉污染，配備消毒設(shè)備，通風系統(tǒng)，采光等都有嚴格要求。
2、生產(chǎn)人員：
食品生產(chǎn)許可證審核，要求必須要有實驗室,滿足產(chǎn)品出廠檢驗要求�；瀱T執(zhí)證上崗，所以需要企業(yè)自己去培訓化驗員。
3、設(shè)備設(shè)施：
取證有明確的生產(chǎn)設(shè)備和檢測設(shè)備要求，而小作坊對這些設(shè)備的投入費用一般都很難承擔。
三、什么情況下，只能辦理小作坊生產(chǎn)許可證
根據(jù)經(jīng)驗只有一種情況，產(chǎn)品在小作坊的受理范圍，保質(zhì)期太短，一般是幾天時間，銷售渠道是本地銷售，保質(zhì)期這個問題也不想通過工藝來改正，因為這樣成本增加，會造成產(chǎn)品市場競爭力太差，因為銷售對象的定位比較低。
比如豆腐加工，銷售給本地批發(fā)商在集貿(mào)市場銷售，因為保質(zhì)期一般不超過1天。
四、小作坊生產(chǎn)許可證的發(fā)證范圍
如：小麥粉；
面粉：大米；
淀粉及淀粉制品（淀粉制品）：粉條、粉皮、粉絲；
豆制品(非發(fā)酵性豆制品)：豆腐、豆腐皮、豆腐干；
食用植物油（半精煉）：小磨香油；
糕點：除面包、裱花蛋糕、月餅以外的糕點；
炒貨食品及堅果制品：炒花生、炒瓜子等堅果炒貨食品；
其他糧食加工品(谷物碾磨加工品)：玉米糝、玉米粉。
目錄之外的產(chǎn)品是不受理小作坊生產(chǎn)許可證的，如果您生產(chǎn)的產(chǎn)品不在這個目錄范圍，保質(zhì)期也比較短，只能選擇提高生產(chǎn)條件，改進工藝，滿足食品生產(chǎn)許可證的辦理要求，否則您不能獲取生產(chǎn)資質(zhì)，不能進入市場。
食品相關(guān)的規(guī)定，就是要讓一部分不具備條件或者條件不太好的從業(yè)者清理出去，保證食品安全。
五、禁止食品生產(chǎn)加工小作坊生產(chǎn)加工下列食品
1、乳制品、白酒、罐頭制品、果凍等食品；
2、專供嬰幼兒、老年人、病人、孕產(chǎn)婦等其他特定人群的食品；
3、聲稱具有特定保健功能的食品；
4、省人民政府規(guī)定的禁止生產(chǎn)的其他食品。
六、其他問題
這里提到的小作坊生產(chǎn)許可證，僅僅指的是生產(chǎn)或者加工食品規(guī)模比較小的商戶，其他產(chǎn)品沒有小作坊這樣的說法。
其實，小作坊生產(chǎn)許可證需要提交的材料同食品生產(chǎn)許可證相比并未精簡太多，只是面積和檢驗報告之類的環(huán)節(jié)要求比較簡單，但是銷售渠道和所經(jīng)營的食品加工的種類是有限制的，所以需要各位從業(yè)者根據(jù)自身的情況具體抉擇。
現(xiàn)做現(xiàn)賣的個體工商戶，就是提供外賣的商戶，不需要辦理小作坊生產(chǎn)許可證，也不需要辦理食品生產(chǎn)許可證，但是前提是只能現(xiàn)做現(xiàn)賣，不能再批發(fā)給其他批發(fā)商，不能網(wǎng)絡(luò)銷售，就是只能銷售給消費者，只能銷售給普通人。
七、辦理食品生產(chǎn)許可證需要準備的材料
1、有效期內(nèi)名稱預(yù)先核準通知書（或營業(yè)執(zhí)照）復(fù)印件；
2、法定代表人、負責人或投資人的資格證明或身份證復(fù)印；
3、經(jīng)備案的企業(yè)標準（無國家標準企業(yè)采用的企業(yè)標準）；
4、生產(chǎn)加工場所有關(guān)情況、平面圖（標尺寸、面積等主要參數(shù)）及其有權(quán)使用證明材料（房產(chǎn)證、土地使用證或租賃合同）；
5、周圍環(huán)境平面圖；
6、各功能間布局圖復(fù)印件（標尺寸、面積等主要參數(shù)）；
7、設(shè)備布局圖；
8、工藝流程圖（附關(guān)鍵參數(shù)說明）；
9、當?shù)丨h(huán)保部門核發(fā)的符合要求的證明文件復(fù)印件(環(huán)境影響批復(fù)及驗收報告或環(huán)保主管部門出具的證明文件)；
10、產(chǎn)品出廠檢驗報告、原始記錄、產(chǎn)品比對實驗報告、委托檢驗協(xié)議及報告；
11、產(chǎn)品使用說明書或產(chǎn)品標簽；
12、各項質(zhì)量安全產(chǎn)管理制度文本及清單；
13、生產(chǎn)設(shè)備、檢驗設(shè)備清單及有權(quán)使用證明(購買憑據(jù)、合同或企業(yè)自我承諾書)；
14、現(xiàn)行有效的國家、地方、行業(yè)標準清單及文本；
15、生產(chǎn)過程中所需的各種規(guī)程、作業(yè)指導書等工藝文件；
16、原輔材料、包裝材料、食品添加劑等產(chǎn)品供應(yīng)商的生產(chǎn)許可證、營業(yè)執(zhí)照、合格檢驗證明或報告；
17、申請書格式文本；
18、各項企業(yè)質(zhì)量安全記錄（與質(zhì)量安全管理制度相對應(yīng)）；
19、其它相關(guān)證明文件（如：員工健康證、檢驗員證等）。
食品生產(chǎn)許可證的廠房面積達到500平以上就滿足了基本的辦證要求。
